白城医学高等专科学校医院管理办公室为学校教辅单位，前身为实习管理中心，2016年，为深入贯彻落实教育部等五部门关于印发《职业学校学生实习管理规定》通知要求，为提高学生实习质量，保障学校、实习单位、实习学生的合法权益，学校成立实习管理中心，注重和加强学生实习管理工作，每年列入学校重点工作，并纳入学校提升内涵建设开展的“三年提升计划”、“三改两创”、920项目、310工程等系列重点项目建设中。
2018年，以人才培养为中心，以校企合作、产教融合为突破口，全方位提升学校服务区域健康养老服务产业，学校牵头成立吉林省医学技术职业教育集团，实施职业院校、企事业单位、科研院所、行业协会间的多元育人运行机制，对接企业需求，学校高度重视校企合作、深化产教融合，解放思想，开放办学，走集团化办学创新发展之路，2019年更名为集团化办学管理中心。
为加快推进对外合作交流，拓宽国际视野，提高国际办学水平，学校与韩国松源大学合作举办康复治疗技术专业高等专科教育项目荣获教育厅同意批复，于2022年开始招生，实现建校60多年的历史性突破。目前，学校紧紧围绕争办应用型医学本科院校发展目标，以服务区域基层医疗卫生事业为宗旨，以提高人才培养质量为核心，深化产教融合，推进校院一体化建设，全面提升培养高素质基层医药卫生人才，学校调整结构设置，设立医院管理办公室，下设综合科、对外交流科、实习管理科三个职能科室。
